น้ำมันที่เข้าสู่ระบบท่อ จะถูกจัดส่งด้วยเครื่องสูบถ่ายความดันสูงมายังคลังน้ำมันปลายทาง ได้แก่ คลังน้ำมันดอนเมืองสำหรับน้ำมันอากาศยาน ส่วนน้ำมันภาคพื้นดินจะถูกส่งต่อไปที่คลังน้ำมันปลายทางของบริษัทฯ และคลังน้ำมันของบริษัท บางจากปิโตรเลียม จำกัด(มหาชน) ที่อำเภอบางปะอิน โดยมีระยะทางทั้งสิ้น 69 กิโลเมตร ด้วยท่อที่มีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลาง 14 นิ้ว ฝังลึกลงใต้ดินประมาณ 1.2 เมตร โดยมีแนวท่อขนานกับทางรถไฟ

ระบบความปลอดภัยในการขนส่ง
ท่อส่งน้ำมันถูกออกแบบให้หนาประมาณ 7-8 มิลลิเมตร เคลือบสารป้องกันสนิมทั้งภายนอกและภายใน ในขณะก่อสร้างวางท่อหลังจากที่มีการเชื่อมท่อต่อกันแล้วจะทำการตรวจสอบแนวเชื่อมทั้งหมด 100 % ด้วยการ X-ray จากนั้นจึงพันเทปทับแนวเชื่อมด้วยเทปป้องกันสนิมอีกครั้งก่อนที่จะวางลงไปในใต้ดินและหลังจากวางฝังท่อลงไปในดินแล้วก็ยังมีระบบป้องกันการสึกกร่อน (Cathodic Protection)ในระหว่างที่มีการส่งน้ำมันในท่อตามปกติยังมีอุปกรณ์ที่สามารถตรวจสอบสภาพของท่อด้วยการใช้ PIG (Pipeline Inspection Gauge) ซึ่งเป็นอุปกรณ์ที่ใส่เข้าไปในท่อ ขณะที่ PIG วิ่งอยู่ภายในท่อ จะทำการบันทึกสภาพของท่อโดยละเอียด ดังนั้นกรณีที่จุดใดจุดหนึ่งของท่อเริ่มสึกกร่อนจะสามารถตรวจพบและทำการแก้ไขได้ก่อนที่จะมีการรั่วซึมเกิดขึ้น

กรณีอุบัติเหตุที่ทำให้ท่อส่งน้ำมันเกิดการรั่ว ระบบควบคุมอัตโนมัติ SCADA (Supervisory Control and Data Acquisition System) เป็นระบบคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในการควบคุมการจัดส่งน้ำมันทางท่อ โดยสามารถสั่งงานไปยังสถานีสูบถ่ายน้ำมัน ณ จุดส่งน้ำมันต้นทางสถานีสูบถ่ายหลักต่างๆ และสถานีปลายทาง ซึ่งมีอุปกรณ์รับ-ส่ง สัญญาณของสภาพของน้ำมัน ไม่ว่าจะเป็นความดัน อุณหภูมิ อัตราการไหล ความหนาแน่น สัญญาณของสภาพเหล่านี้จะถูกส่งผ่านระบบ On-Line มายังศูนย์ควบคุมระบบที่สำนักงานใหญ่ที่ดอนเมือง ดังนั้นในกรณีที่เกิดการรั่วซึมระหว่างทาง Valve สกัดน้ำมันตามจุดหลักๆจะถูกสั่งให้ปิดโดยระบบ SCADA ทันที พร้อมกับแจ้งตำแหน่งของจุดรั่วซึม การซ่อมแซมก็สามารถดำเนินการได้ทันท่วงทีและสามารถส่งน้ำมันได้ตามปกติในระยะเวลาอันสั้น

นอกจากนี้การป้องกันความเสียหายอันเนื่องจากการขุดเจาะ หรือก่อสร้างเหนือแนวท่อส่งน้ำมัน ได้มีการติดเครื่องหมายเตือนไว้บนพื้นดินเหนือแนวท่อ และฝังเทปสีเหลืองซึ่งเป็นเครื่องหมายเตือนไว้ใต้ดินประมาณ 25 ซม. เหนือแนวท่อ ฉะนั้นเมื่อมีการขุดเจาะลงไปจะพบเทปเตือนนี้ก่อน และเรายังมีพนักงานตรวจสอบแนวท่ออย่างสม่ำเสมอ เพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีการขุดเจาะ หรือก่อสร้างใกล้กับท่อส่งน้ำมันจนอาจเป็นอันตรายแก่แนวท่อได้